私は湾の東に住んで、SF市内へ通学と通勤を経験。
片道17マイルに毎朝１時間以上のドライブです。
なんせ渋滞は朝６時半から９時すぎまで、帰宅もSF市内を午後３時半ごろでないとフリーウエイは駐車場なみに動かないし。

市内中心部への通勤なら、郊外でもBART沿線が便利でしょう。
あとSF市内の太平洋に近い側、RichmondとかSunsetの住宅地がお勧めです。
市内の移動はバスなどで大丈夫です。荷物があるときはウーバーやタクシーで。
SF市内を自分の車で動こうとすると駐車に困ることになります。
路上の駐車はまず不可能、駐車場の料金は高いし、市内在住で車を持ってもあまりよいことはないですね。
私はEast Bay住まいで夜の会議が多い仕事でもあり、BARTの駅までのバスも不便な場所に家があるため自分でドライブするしかないわけで。
幸い職場に駐車できるのと、その前の通学していた期間はカープールできないときは恐ろしく早朝に家を出発。

SF市内の公立学校は地域により質の差が大きいですが、お子さんまだ小さいし心配不要では？
最初の２年はSF市内に住み、万一駐在が延長になるようなら校区の良い地域へひっこすとか。３年で帰国ならリースを１年延長すればよいわけだし。
住まいと学校環境が良いのはマリン・カウンティですが、全米でも１０位以内に入る富裕地域、公共の交通機関だけでは不便です。
マリンカウンティのラークスパーからフェリーでSF市内へ通勤する人たちもいますね。

物価の高さが話題になるSF地域ですが、住宅費がやたら高い以外、食料品は新鮮で値ごろです。
自然も都会の生活も楽しめ、気候は温暖で過ごしやすい地域です。

ノースベイはどうですか？
小学校に行かないのであればサウサリートは立地的にかなり良いです。(学校はあんまり良くありません)
バスもフェリーもあります。ただアジアっぽいスーパーなどが皆無なので週末に日系スーパーへ買い出しが必要ですが。
市内より天気はいいしオススメですよ。