その時に
こちらが先ではありませんか？と 一言 店員さんに申し出たら 事情が分かったかもしれませんよ。
割り込みなら 解消されるし
既に何らかの事情で その方が列にいなかっただけかもしれませんね

自分の目線だけで 腹を立てても仕方ないことです。

”並んでる（た）んですが”
ってレジの人に言えば良いと思うのですが…。
私だったら言います。

一言、「並んで待っているんですが」ととっさに言ったらよかったですね。

その時、番号札を持っていれば、そういう説明があるでしょうし、納得できるのではないでしょうか。
また、「割り込み」だったら、店員も気づくでしょうし、気づかないふりをしていられないでしょうね。

図々しい人がたまにいます。

怒り心頭です。

ついこの前、私も同じ状況になりました。
ひな祭りのケーキ屋さんで、お客さんがひしめき合っていました。
次は私の番、という時に、後から来たお客さんに店員さんが声を掛けたので
「すみません、私が先に待ってたのでお願いします」と言いました。
直ぐに注文を聞いて貰えて全然問題無しですよ。
でもトピ主さんの感性で言うと「私が先なのに！」と
店員さんに怒り心頭になってる場面だったってことですよね。

店員さんがお客の順番を正確に把握できれば一番良いのでしょうが、
店員さんも人間です、そういう訳にも行かないこともあるでしょう。
第三者の私から見ると、なぜ「私が先に待っていました」と言わないのか、
そっちの方が余程分からないです。
店員さんが脇の人に向かって言った（ように見えた）にせよ
「すみません、私が先で、私の後にも既に並んでいますから
　こっちを先にお願いします」と言わないでプリプリしている方が、
余程不思議に思えます。
その時、その状況を説明できるのは、トピ主さんしか居なかったのではないの？
店員さんは、トピ主さんを並んだ人だと認識していなかったから
脇に居た人（店員さんの手近だったのかな？）に声を掛けたのでしょうから、
説明が無いのも無言も、並んだ人との認識が無いのだから
トピ主さんに話しかけないのが当たり前のように思えます。

クレーム付けたければ、言うのは構わないとは思いますが
トピ主さんが一言「私が先」と言っていたら、
状況は全く一変していたでしょうね。
受付をスムーズにするためなんですから、何もかも店員任せじゃ無くたって、
お客が協力して訂正してあげたっていいんじゃないですか？
店員さんだって、間違おうと思って間違った訳じゃ無いんですから。

私なら「あのー、私のほうが先にまってましたけど？」と
レジの人に声をかけると思います。
だって次にお待ちのかた、とよばれたんですもの。

待ってる人でなく脇にいた人を優先するならレジの人はそういう呼び掛けをするはずなんで。
「すみません、こちらの方がその前からお待ちいただいてたので」とか。

前の人の査定中、どの時点からあなたが待ちはじめたかレジの人には見えてなかったんじゃないですかね？対応中のお客さんの影にかくれちゃって。

誰が先に待ってたか、ちゃんと見てる店員もいますが、全く見てもいない人もいます。
先に並んでたときに割り込まれたのでしたら、その時に言えばいいのです。
「こちらが先に並んでましたが？」と。
あとになって怒りがこみ上げるより、その時に「並んでますが？」と一言いうだけですよ。
あとになって電話しても、電話を受けた人も、なぜその時に言わないんだろう？と思うのでは？

トピ主さんの質問がよく分からないです。
＞上記の出来事自体は仕方ないとしても、
仕方ないんだ！？
＞他のお客様もいるので諦めましたが、
他の客がいるから諦めたことって何ですか？
＞一言言っても良かったのでしょうか？
誰に？何を？
店員に「説明しろ」ですか？割り込んだ人に「一言何か言いなさいよ」ですか？

＞電話で店員の名前を伝えて上記のようなことがあったことを話しても良いでしょうか。
いいと思いますし、店員に指導も入ると思います。が、「何でその場で言わないの？」とは思われるでしょうね。