給与や休暇をコンピュータで管理しているのなら、４月度の「締め日」があると思います。

間違いや不正を防ぐために、一旦「締め」をしてしまうと４月度のデータが確定して、修正できなくなるのが普通です。

４月度の休暇の締め日を過ぎているのなら、（もう５月下旬なので過ぎていると思いますが）４月度に遡って修正する事は難しいと思います。

※紙の台帳など、コンピュータでなく、紙で管理しているのなら、面倒で間違う可能性もありますが、修正は可能だと思います。

４月度の給与金額が間違っていたり、支給額を６割→１０割のように修正するのは、翌月以降（例えば５月）に差額分をプラスやマイナスで修正すれば翌月の給与で増減する事が可能です。

でも、４月の有給休暇消化を取り消すために、５月で有給休暇を「マイナス○日」使ったという入力はできません。

有給休暇の日数は毎年「今年は○日」と決まり、そこから順に減算するので、消化した日を取り消すためには「有給休暇の残日数を増やす」ことが必要です。それが可能かどうかは、コンピューターソフトのマニュアルを調べたり、ソフト会社に問い合わせる必要があると思います。（通常は使わない機能だし、担当者がその機能を知っていると、簡単に不正ができるので知らない場合が多いです）

会社で有給休暇を管理しているソフトに有給休暇の残日数を変更する機能があるのか無いのかを調べてもらったらどうでしょうか？。