お気持ちお察しします。
きっと、苦手な相手の方はまわりを取り込むのが上手いんでしょうね。
職場となると、長い時間一緒にいないといけないので更に辛いですよね。
わたしのオススメは、大変かもしれませんが転職することをオススメします。
上司も頼りにならなさそうか印象を受けましたので。

きっと、転職しても合わない方は出てくるとは思いますが、今の職場より良いのでは？と思います。
パートさん全員に無視されているような職場に居続け、苦痛な思いをこの先もすることになります。
この状態では心を病んでしまいませんか？
そんな人達の為に、毎日楽しく過ごせないのはもったいなくないですか？
転職は、勇気いりますが今のうちから求人だけでもみてみると転職への意欲が出てくると思います。

トピ主さんの伝え方が悪かったのかその上司に問題があったかは分かりません。

相性が合わない人なんてみんないますよ。そこで仕事に支障があるほどの事をされたら、先ずは本人に直接伝える。それでもラチがあかなかったら上司に相談です。

自分の事でなくとも、段階を省いてすぐに上に問題提起してしまう人を私は警戒してしまいます。もちろん態度に出さないですが。

『以前から1人の人とどうしても相性が合わず』これで上司に相談してはダメですよ。上司としてみれば相談された以上そのお相手と面談せざるを得ず、面談されたらお相手も気分を害します。

学校ではないのだから上司とて『揉めないように上手くやってください』としか言いようがなく、言われたら『はぁ？私がなんで言われなくちゃいけないの？上手くやれないのは向こうも同じなのに、私が責められる訳？』となります。そうなると従業員の方は皆そんな面談は受けたくないし、あなたに関わるとそんな面談を受ける可能性が出てきます。だからあなたに冷たい反応になるんですよ。

相談するなって事ではないですよ？でも会社の人の中でも上司に相談したなら「職場ではぶられる」事は覚悟の上で相談しましょうってこと。『誰か1人でも自分を理解してくれていれば…』ならプライベートの友達とか家族とかにしましょうよ。

『その人の分までカバーしたのにあんまりです。上手に仕事を手伝ってともっと早く言っていれば良かった』それと今の状況は別問題です。分けて考えた方が良いですね。

まず、好き嫌い（合う合わない）で仕事をしてはいけないと思います。
個人的に合わない人なんて、たくさんいるに決まってます。

どういう理由で「合わない」と思うのかが書かれていません。
具体的に何をどうされたかが曖昧で、もし「あの人とは合わない」とだけ上司に相談したとするなら、よくないと思いますよ。

どうしてもダメなら、辞めてもいいと思いますが、辞めるに辞められないのはどうして？