電車通勤なのに車通勤の申請書を書くように言われた

電車通勤を3年以上続けています。 このたび勤め先から、車通勤に変更して欲しいと 言われました。 しかし我が家はマイカーが1台しかなく、夫が通勤に使用しているため それは不可能です。と答えました。 すると、電車通勤を続けるのはそちらの勝手だけども 車通勤としての交通手当しか出さないと言われました。 会社側に従業員の交通費を必ず支給しなくてはならない..という 決まりはないので、会社からそのように言われたら 仕方がないなと思うのですが それにともない、車通勤として通勤経路申請書を 書くように指示されました。 事実と違います。 よく、逆のパターンはあるかと思います。 本当は車で通勤しているのに電車通勤をしているフリをして 不正受給するパターン。 ですが、会社側から事実に沿わない事を指示されることに 納得がいきません。 また、他にも電車通勤している社員がいますが その人は定期代を通勤手当として支給されています。 （私も今まではそのように支給されてました） 同じ社内なのに、平等でないこと。 規定があいまいなこと。 会社側から事実と違う書類を書くように指示されたことに 不信感です。 家族経営の零細企業です。社長はワンマンです。 就業規則はありますが、当たり前の一般的な事しか 明記されていません。 私は会社の指示通り、車通勤での申請書を書くしかないのでしょうか。 通勤手当を減額したいが為だとは思います。 そこは鶴の一声なので、減額だと言われれば応じるしかないのかなと 思っています。