直属の上司に許可を取らない事務員について。

　私は別の部署なのですが、その事務員から事の内容を直接聞かされたので全くの無関係ではなくなってしまいました。。。
　どう行動するのが最善か悩んでいます。お知恵を貸してください。
　複数のチェーン店を運営する本社に勤めています。ことの問題は年末調整で起きました。通年は本社から店舗へ全従業員分の書類を一纏めにして送り、店舗から本社へ一纏めで返送してもらっています。たいていは従業員の提出が遅れるなどで本社に届くまで少し時間がかかっていました。ただ、毎回期日を早めに店舗に伝えているので最終的にはギリギリ間に合っていたそうです。
　その事務員は、それでは時間がかかり事務側がバタバタして非効率的だからと店舗宛に個人返送用の封筒(本社住所ラベル＆切手付き)を同封したようなのですが、直属の上司にはその件を伝えていません。
　なぜ上司にバレないのかというと、その上司はある事情から親会社のオフィスに在席しており、事務員とはメールかLINEでやりとりをするため、お互いの行動が見えないためです。
　営業部長には許可を貰ったというのですが、営業部長と事務員では部署が違いますし、事務員の上司の役職は総務部長のため組織図上は対等で、命令の指揮下にはありません。
　上記の話を事務員からされた時、直属の上司から許可を貰わなくて大丈夫なのかと尋ねると、「私には私のやり方があります。これからは私が業務を効率化させるんです。」となんとも困った返答でした。
　必要経費と言えば仕方ないですが、封筒も切手もタダというわけではないですし、何より直属の上司の許可を取らないことが問題ではないか、今後もこうしていく可能性があるのではないか、関係のない部署の私からその上司に伝えるのはどうなのか、いずれ表面化するまで静観する方が良いのかなど、今回のようになんだかんだ私も巻き込まれそうなのでどうするべきか悩んでいます。