『紙２００１』のファイルが2000を超えてパンクしそうです

　とても便利で手軽なフリーソフトで、調子に乗って気に入ったページを次々と取り込んでいくうち、ＨＤがパンク寸前になってしまいました！不要なファイルはこまめに削除していますが焼け石に水です。ソフトの作者のＨＰによると、ＣＤ－Ｒ（Ｗ）、ＤＶＤにバックアップすることができないそうで、それならとＷＩＮＤＯＷＳのファイルに取り込み直してバックアップしようとしたら、既に存在しないサイトが、結構あり、紙にしか残ってないデータが多いのです。また、ＭＯも持っていませんし、プリントアウトして保存するには、スペース的にあまりに厳しく、無理です。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　どうか、博識な小町の皆さん、『紙』のデータを消去せずにどこかに移し、ＰＣを軽くする方法を、ご伝授願えないでしょうか？助けてください！！