米国での名付けと日本の出生届、パスポートについて

米国でもうすぐ出産予定です。私は日本国籍、夫は米国籍です。
名付けと日本への出生届け等で自分なりに調べてはいるのですが、まだ分からないことが多いので、経験者の方がいらっしゃいましたら教えていただければ幸いです。

＜現在の情報（仮名）＞
私の米国名：
　花子・スズキ・ジョンソン　※ミドルネームは旧姓を使用
私の日本名：
　鈴木花子　※日本の婚姻届を提出時に夫の姓を採用せず旧姓をそのまま使用
私の日本パスポート名：
　鈴木花子　※米国名「花子・スズキ・ジョンソン」が別ページに追記

＜子供の名付け（仮名）＞
　エミリー・オリビア・ジョンソン

質問の内容は以下です。

1日本への出生届けを提出する際、名前は「鈴木恵美里」にしたいと思いますが、「ジョンソン恵美里」にすることも可能なのでしょうか？（娘が私の日本戸籍に入るのに、夫の姓を採用できるのか？）

2娘の日本パスポートを作成する際、娘の米国名は「Emily」ですがパスポートには「Emiri」と記載されることになると思います。米国パスポートと名前が異なるのは問題ないでしょうか？
例えば米国で往復の航空チケットを予約した場合、Emily Johnsonでチケットが発行されます。米国での出入国は米国パスポートを使用するので問題ありません。しかし日本での入出国に（観光ビザにならないように）日本パスポートを使用したいのですが、チケットと名前が異なるのに可能なのでしょうか？（なお、娘が２重国籍でいられるのは２０歳までということは把握しています。）

米国でのミドルネームを日本名として使えるのは知っていますが、現在のところは考えておりません。

もしご存知の方がいらっしゃいましたら、よろしくお願い致します。