ルール違反とわかってるのに

例外処理は仕方ありません。「上司の指示」ならやむを得ないでしょう。指示に従うしかありません。 ただし、後で露見した際に「勝手にやった」と言われては困りますので、証拠を残して、「上司の指示の元に処理した」事を明らかにすることです。メモを付けるなり、メールを残すなり、ともかく証拠を残すことです。

誰かを陥れて保身を図るというのは困ります（トピ主さんを陥れるわけではないとも言えませんけど）が、何かを円滑に進めるためにルールを曲げるというのはよくあることです。 例えば、本来は係長→課長→部長と承認印をもらわなければならない書類をバカ正直に上司追いかけて判子もらってたら失うものがある場合、口頭で承認もらって自分で判子押しちゃうとか。もしくは先に全部やっちゃって事後承諾とか。 犯罪でもない。誰も不利益を被らないというのであれば、いいと思います。 見た目問題ないように見えて実は誰かが不利益を被るといったような複雑怪奇なルール違反は指示されないと思います。てかそれだったら自分でやると思います。 トピ主さんが断ったら、断らない誰かに依頼して以降その人を重用することになりそうですしね。代わりはいくらでもいる。というやつではないでしょうか。

匿名で相談を。 監査が入りバレたらあなたの責任にさせられませんか？ 心配です。 本来ならその上司がこっそりやるべきですよ

主の上司が管理のために作成したルールなら、上司に従います。 ただし、メールなどで確認の履歴は残します。 上司が作成したルールでないのであれば、上司の上役などに相談します。 だって社長が決めたルールだったら上司がごまかそうとしてる事に手を貸そうとするのがえらい目にあいそうですし。 ただ、どの程度のルールなのかわからないので、私が本当に内容をしって上記の回答と同じ回答をまたするかといわれると微妙ですが。