診断書をもらったのに傷病休暇でなく年休にする？

トピックを開いて頂きありがとうございます。　 妊娠５ヶ月になった頃、急に大量の出血があり、夜中に慌てて病院へ行きました。それからそのまま二週間切迫流産で入院し、その後自宅療養二週間が続いています。　 入院した次の日に、入院した日から数えて二週間分まで安静にするように書かれた診断書をもらい、職場に休暇を貰うために提出し、更に二週間後に今後の所見を書いて頂き、職場に提出。その後更に二週間休み、１ヶ月が経ちました。 最近になり人事から一回目の診断書を受け取った旨の通知が上司に来たので、内容を確認したところ、傷病休暇でなく、年休を14日使った休みにしてもらうよう通達があり、すでに処理されてしまったようで二回目の診断書に書かれている日付からは傷病休暇となるようです。　 本来の産休は2月の後半からですが、初産なので不安もあり、職場の方に相談し、今まで貯めていた年休を使わせてもらい、早めに休ませて頂く予定でしたが、あと1日くらいしか休みが残らない状態となってしまいました。 診断書を貰って休む場合、傷病休暇とは必ずしもならないものなのでしょうか…？