どうしたら・・・

25歳男性です。
現在は大学院に通いながら医療関係のバイトをして生計を立てています。
そのバイト先でトラブルになりました。

相手は30代の女性(Aさん)です。Aさんは職場の管理を任されています。
職場には僕と同じか下の世代のアルバイトと、Aさんよりそこそこ年上の社員しかいません。

同世代の人が職場にいないうえに、管理を任されていて精神的に辛いのか、以前にAさんが、僕に「辞めたい」ともらしたことがあります。
そのときに、「辞めたいと言ったことは、みんなには内緒ね」と耳打ちされました。きっと、辛くても我慢して周りには言わないでいるのだろうと思いました。

辛い原因の１つとして火曜日の夜の残業が考えられました。最近人手不足で、火曜日はAさんが朝９時から夜２３時くらいまで働いています。
Aさんが辞めたいともらしたのを聞いて以降、僕は本来担当ではない火曜日の夜に、Aさんの交代で仕事に入るようにしました。

それ以降、度々メールもするようになり、僕はAさんを元気づけようと、明るく、時には笑いやおふざけの要素を含むメールもしました。

しかし、ここにきてAさんの態度が急変しました。メールの返事がなくなり、別のバイトの人を介して「火曜の夜は他の人が入るから来なくていい」と言われ・・・
僕は相手のためにと思って行動したことで、仲の良かった相手を怒らせたり、不仲になるったりすることが度々あります。

今回思い当たる節としては、
１）ある日、「作業台が散らかっているかもしれないから片付けといて」とメールが来て、「すごくキレイです。Aさんですから」と返信した。
２）バイトの人の送別会（近年ではバイトの人しか参加しない）に、Aさんを誘った。

何か嫌な気持ちにさせたのでしょうか？セクハラのように思われたのでしょうか？
ひとまず、メールは止めようと思いますが、良い対処法は考えられますか？