別れるべきでしょうか

25歳九州の医学生です。
今年研修先の病院を決めます。東京に戻りたいので、別れるべきか悩んでいます。

彼氏は研修医で3年付き合っています。彼はここが地元です。
私と付き合う少し前にお義父さんが近くに開業し、彼が継ぐ予定です。
彼には妹がいますが、医療系ではなく、他についでくれる人もいません。

以前は時間がたくさんあったのでよく話しました。
彼は、私が結婚して一緒に残ってくれるのが理想だが、
東京に一緒に行く可能性も0ではない、と
言うので、私の両親にも彼氏として紹介済みです。
その時、私は地元に帰りたいし、お互いの将来が交わらないならこのまま付き合ってても仕方がないのでは、
という話もしましたが、まだ私が学生のうちは九州にいるし、そのとき考えればいいのでは、
と説得されました。また、納得出来る理由があれば東京に行くことは厭わないけれど、
私が継がないといけない病院があるわけでもなく、戻りたい理由がわからないと言われました。
私は6年いても慣れないし、
東京の方が知り合いも多いの戻りたいです。
一人娘なので実家の近くにいたいです。
ならば、東京の医学部に行けば良かったのですが、一度文系大学を卒業した私には
時間もなく、入れる所にきてしまいました。
私も彼のご両親とよく食事しますし、彼の祖父母のいる東海や関西にも誘われて遊びに行っています。
東京の病院見学によく出かけていて隠してもいないので、彼の両親も様子を伺っている感じで、そういう話題にはなりません。
彼と話をする機会を作ろうと思っているうちにのんびりしていられなくなりました。

彼とは一緒にいて楽ですし、好きですが、彼を頼って残る覚悟もできません。
入籍して別々に住むことを提案していますが、現実味がないと言われました。
どういう選択をしたら後悔がないと思いますか?
皆様の意見をお聞かせください。