夜中だけ下痢をする娘

２歳９ヶ月の娘について相談させてください。
年を越す前から感染性胃腸炎にかかり嘔吐と下痢を繰り返し、年明けてやっと落ち着きました。
この時、一家で順番に感染しとても酷い思いをしました。
症状もおさまり、私は仕事に復帰し、娘は保育園に通い出しましたがこれが1日と持たず吐いてしまい早退。
それから10日たちます。
今は嘔吐はないですが、下痢があります。
しかし、日中は普通の便で夜中だけ下痢なのです。
本人も眠い、寒いでオムツを変える時、大泣きです。その都度大丈夫だと言い聞かせるのですが最近、寝る前になるとお腹が痛いといってなかなか寝なくなりました。
小児科では、長引いてる胃腸炎だと診断していますが、なぜ夜中だけ下痢するのか…
子供がこのような経験をしたお母様いましたら、アドバイスや意見をお願いします。