給料明細に書かれている基本給と時間が一致していません

一割分なので源泉徴収控除後の金額でしょうね 税務署から厳しく指導されますからね

時給900円ならば、辻褄があいます。 時給1000円は時間外ではないですか？

直接アルバイト先に確認した方がいいと思いますよ。 そのほうが間違いないでしょう。

最終的な支給額はいくらなんでしょうか？ 最終的な支給額が「働いた時間×契約時の時給」になっているなら問題ないですよね。 時給1,000円だけど、内訳として基本の時給が900円で、○○手当として+100円などになっているのかも知れません。 いずれにせよ、疑問があったら雇い主に内訳を聞きましょう。

勤務先の総務担当か、お店などで職場に事務の人がいなければ上司にききましょう。 採用された時の雇用契約書があれば見てみましょう。 ここで一般論を聞いてもよその会社の賃金体系や決まりがわからないので、真実はわかりません。 そのことを了承の上でなら、ですが。 トピ主さんはそのアルバイト始めたばかりなら試用期間で時給が安いのかもしれません。 「時給1000円、ただし試用期間中（２ヶ月）は900円」と書いてある求人などを見たことありませんか？ そうでなければ時給の設定ミス。もしくは求人にうそを書いていた。 またはトピ主さんの思い違い。 予想の域を出ません。 だからいい加減な会社、とかブラック企業！？などとも言えません。 だからお勤め先できいてくださいね。

どうやったらこの金額になるんですか？　って 経理を司る人（店長？上司？）に聞いてみてください。 明細にも何も書いていませんか？ 税金（源泉等）か何かが引かれて その手取り金額なんじゃないかなとは思いますが。

時給1000円で働いた時間数が給与がとなり、総額から所得税として10％を引いた額と一致しますね。 支払額・控除額とわけて明細書に記載されていたら理解できたと思います。 不親切な給与担当者のいる会社でしょうか？。 年末調整の有無や確定申告も事前に学ばれておくことも必要かと存じます。