膝の痛みについて

37歳女性です。
運動不足なのに急に運動を始め半月程経った所、膝に痛みが出てきました。整形外科に行き、関節注射5回を受けました。
階段の昇降などは少し楽になったのですが、膝の皿の内側や膝裏にも痛みが出るようになりました。（突っ張るような感じやチクチクした痛み）
総合病院でMRIを撮ってもらったらどうかと、紹介状を書いて頂き行きました。
そこの先生は、持って行ったレントゲン写真を見たり、足を動かしたりしてみてから、緊急性はないようだし痛みが改善しているようならもう少し様子をみたらどうか、とおっしゃり帰されました。（MRIなんて必要ないでしょ、という感じ）
最初に掛かった個人院で指導された、足の筋肉を鍛える運動は毎日欠かさず続けています。
痛み出してから2ヶ月弱。レントゲンでは異常はなく、水も溜まっていません。痛みが続くようならやはりMRIを撮った方がいいのでしょうか？その場合、どんな異常が考えられるでしょうか？
正座は出来ます。歩行時には痛みはなく、しゃがんだりして体重が掛かった時、椅子などで、膝を長く曲げていた時、就寝時に横になった時などに、痛みが出ます。