台湾にもいくつかの先住民族がいますから、それぞれの民族の伝統音楽があるでしょう。キングレコードなどから世界の民族音楽のCDシリーズが販売されていますから、まずはそちらをチェックしてみたらいかがでしょうか。
台湾の民族音楽でもっとも有名になったのは、(非常に断片的ですが)Enigmaの"Return to Innocence"(アルバム"The Cross of Changes"に収録)で使用されたアミ族の郭英男さんの歌だと思います。
台湾へは行ったことがないので、台湾内での民族音楽CDの入手状況などはわかりません。情報量が少なくてすみません。