子供連れでモルディブ個人手配

9月に、大人二人と2歳になる子供一人でモルディブへの旅行を考えています。

ツアーだとかなり高くなるので、今回初めて個人手配を試みているのですが、
超初心者なので教えてください。

Hotel Travel.com とか、エクスペディアとかのホテル予約サイトで見ると、
ホテルは一室いくらの料金設定になっていて、子連れには大変魅力的です。
でもそういったサイトで予約すると、例えば水上飛行機で行く環礁のリゾートの場合、
水上飛行機の手配をはじめ、マーレのホテルや送迎のドーニなど細々した所まで
自分自身で手配しなければならなかったり(自動的にやってくれるサイトもあるようですが）、
勝手にエキストラベッドの料金が加算されていたり、朝食のみしか選べなかったり、
不安な点がいろいろ出てきてしまいます。
いつも個人手配でモルディブに行かれている方(特に子連れの方）、
上記の点など現地では問題なかったでしょうか？

また、手に負えないようであれば最終的にはモルディブ専門の旅行会社に手配をお願いしようかと思うのですが、
どこもHPを見ると、ホテルのみの手配の場合も一人いくらの設定になっているようです。
旅行会社を通して、ホテル予約サイトのように一室いくらの料金での手配を頼むことはできるのでしょうか？

何だかわかりにくい文章になってしまい、すみませんが、
よろしくお願いします。