抑鬱状態での退職？？？

会社の業務従事中に抑うつ症状を患い、昨年の１２月から抑鬱状態で休職することになりました。

３月の中旬に主治医から４月からの復職に関する診断書を書いていただき、社長に提出後、受理もされました。ただその時には休職期間を延長する対応となりました。
本日、会社の社長との面談で「このまま行くと、休職理由が消滅せずに自己都合退職となる」との進言がありました。
ここで、疑問が発生し、「医師の診断書を貰って受理されたにも拘らず、休職理由は消滅しないのですか？」と食い下がったところ「医師の診断書はあまり信用が出来ず、自己都合的なところがある」という旨を言われました。

復職届が受理されたら、休職事由は消滅されるのではないでしょうか？？？いったい何のための復職届になるのでしょうか。リストラさせるための手段としてやっているだけでしょうか。そしてこのようなやり方は問題ないでしょうか？

＜在籍企業＞
名古屋地方に存在するＩＴ企業で、全従業員数は１００名前後です。
受託ソフトウェア開発や客先へ赴き、ソフトウェア開発を行う。主に客先へ赴き、ソフトウェア開発を行うことが主です。
昨年の春ごろに４０名程度の従業員をクビにしています。
＜自己紹介＞
２９歳男性。
昨年１０月まで仕事を行い、規定により１２月から休職を行う。

纏まらない文章で申し訳ありません、ご相談に乗っていただけると幸いです。