同居解消宣言！したはいいけれど・・・？

38歳。4歳＆1歳の女児を持つ、ワーキングマザーです。 実父と同居です。 主人は、典型的な大雑把人間で、悪く言えばだらしがない、良く言えばおおらかな人間です。実父はその真逆。 たびたび衝突する二人（というか、いつも実父が一方的に怒っている）を仲裁しつつ、なんとか今までやってきましたが、このたび、限界を迎え、同居を解消する決心をしました。 問題はここからです。 現在の家は、自分の実家ですが、2年前に増築しました。隣の家が空家になったので、そこを買い、リフォームしてつなげ、将来の子ども部屋と広いガレージを確保しました。その、土地代＆リフォーム代で父が500万円負担、私たち夫婦が1,000万円負担しました。 キャッシュで支払ったので、ローンは残っていないのですが、この増築分をなかったことにして、アパートに引っ越さなければならない自分たちに納得がいきません。 父が出て行けばいいのでは？とも思いつつ、もともとは父名義の家。そんなことも言えません。でももう、同居は限界です。 皆さんならどうされますか？アドバイスをお願いします。