経理・財務に詳しい方、教えてください

とある上場企業で事務員をしています。 社員の旅費精算で、どうしても腑に落ちないことがあるんです。 仕事で社外に出たら日帰り出張、宿泊すれば宿泊出張となり、 旅費の実費他、出張手当、食事手当、宿泊手当が付くのですが、定義がとても曖昧で、更に勝手に作ったローカルールがまかり通っています。 鉄道を使用した場合、自由席料金が支払われる（と、社内規定に載っている）のですが、指定料金で請求してきます。 実際にはネットで予約して指定席に乗り、正規で購入した金額より安い料金で購入しています。 一度、やんわり指摘してみたら、勝手にローカルルールを作ってしまいました。 1領収証は（都合悪いので）添付しなくていい 2指定席料金で請求していい　などです。 この他にも、出発時間や帰社時間によって食事手当てが付くため、都合のよいように改ざんしてきます。 単身赴任で帰省先から直行しても、一度帰って来たようにして請求してきます。 これらは、精算請求書に書かれた金額の計算が合っているかのみチェックされたのち、個人の口座へ直接振り込まれます。 税金は引かれなくていいんですか？？ 個人が得しているばかりではなく、チリ積で法人税などの脱税とかにはならないんですか？？？ 社員以外の者には節約を強要され、事務用品のクリップひとつ飼うのにも文句言われるのに、自分たちばかり得をしているのが、どうしても腑に落ちないんです。