タイムカードの清算について

先日、1時間だけ出勤せざるを得ない状況がありました。 元々出勤日だったのですが、親族が亡くなり、その旨は職場に連絡済み。 しかし誰からも『休んでいい』とは言われず、業務上の処理も溜まっていたため、出勤。 出勤してから上長から帰宅命令が下ったのですが、問題はその日のタイムカード清算です 欠勤申請を提出し、1時間分代休から差し引くか、 有給で申請と言われました。 なんで行ったのに有給？　忌引きは元々取得できる日が少ないため、他の全休にあてて終わっているのですが、 なんでこっちが清算？ これって、法務上ありなんでしょうか。 うちの会社はみなし残業のため、残業時間でのペイは出来ないようです。 何か納得いかないのですが・・・・。