2泊での九州旅行、お知恵をお貸しください

１月か２月に女二人で2泊3日での九州旅行を計画しています、
地方都市在住なので羽田空港を利用しての旅の為、家から始発で出発しても午後到着、帰途もお昼過ぎには空港へ向かわなくてはならないようです。
雪も降る事があるというので、現地では公共交通機関を使いたいのですが・・・・
今候補に挙げているのは１日目は長崎空港到着後、長崎観光後長崎市内泊、２日目は午前中市内観光、午後雲仙の温泉へ、３日めは温泉周辺観光のち空港へ・・・

もう一つが１日目は大分空港到着後、湯布院観光・湯布院泊(または黒川温泉)。２日目は別府温泉、地獄観光・別府温泉泊３日目は周辺観光ののち空港へ・・・

長崎の場合は温泉地までの特急バス便が少なく、移動時間の割に市内観光の時間が取れないような気がします、正味１日ではグラバー邸や大浦天主堂、坂本竜馬の足跡をまわったり、中華街行ったりは無理があるでしょうか？
長崎市内の観光地巡りなら市内で２泊の方がいいでしょうか？

別府温泉と湯布院か黒川温泉での２泊＋周辺観光の場合、別府・湯布院間、別府・黒川温泉間の移動や周辺観光はレンタカーを使わないと無理でしょうか？

九州は福岡市以外は行ったことがなく、土地感・距離感が全くないのでわかりません。
また湯布院と黒川温泉のチョイスでも迷っています。

もうしばらくは２泊の旅行チャンスはないかもしれないので、お知恵をお貸し下さい。