ハウステンボス・小浜温泉へ行きます

9月下旬に2泊3日の旅行に行きます。大人２人子供２人です。（子供は5歳と1歳）
初日にホテルオークラJRハウステンボスに宿泊します。2泊目は小浜温泉で宿泊をします。
その間の日程なんですが、初日にハウステンボスで遊ぼうと思っているのですが、到着が多分、お昼過ぎになります。
子供と一緒なので、長崎バイオパーク・イルカウォッチングも計画してます。
ここで、主人が、「せっかくだから、長崎市内観光もしてみたい」と言い出しました。「無理なら、今回はやめよう」とも言われましたが、やっと取れた連休で久しぶりの家族旅行なので、できるなら、みんなの希望を入れたいと思っています。
どういうコースで行けば、スムーズに回れるでしょうか？
帰りは、島原港からカーフェリーで熊本周りで帰る予定です。
小さい子供がいても、気軽にお昼ご飯とかも食べられるお店など、おすすめがあれば教えてください。