婦人病の診断を受けて変わったこと

20代の女で今年社会人4年目になります。
高校時代から生理痛がきつく、一度は病院に行きましたが特に診断なく頭痛生理痛を飲んで我慢してました。
しかし去年の１１月、居ても立っても居られない状態になり救急車を呼びました。検査結果、子宮内膜症で手術をするほどではないのでこれからは鎮痛薬と低容量ピルを飲み続けて抑えて行きましょうとの事でその日から25.26.27とお休みをいただきました。

今の仕事は12時間働き通しでボーナス残業代ナシの正社なので休むことは許されないといった感じです。上司は生理痛がないので分からないぶん親身になってくれたら椅子に座ってていいよなど理解があると思ってました。
連休といっても2日まで、月6日休みの職場の為
3日間も申し訳ないと皆さんにお詫びして経理に病欠届けを出しに行こうとしたところ、直属上司から(←シフト管理者)『今回休んだ1日目は25日締めの最後の日だったから有給にしといたからね。26.27は12月分の公休にしてるから安心して！』でした。
これからも病気と上手に関わっていきたいので転職の理由の１つとして考えていきたいのですが私がおかしいのでしょうか？