返事の仕方

今年で20歳になりました女性です

先日、仕事をしていたときに上司から『手伝ってほしいのだが大丈夫だろうか？』と連絡がありました。
その日私は会社にてデスクワークをしていて、上司は外での仕事でした。(専門職とさせていただきます)
私は今の自分の仕事を確認し、上司に『今から行きます』と連絡をしたあと上司がいる仕事場に向かい2人で作業をしました。

作業が終わってから私が会社に帰るとき、「来てくれて助かったよ、ありがとう」と言われ「…いえ」ととっさに意味のわからない返事しかできずに自己嫌悪に浸ってしまいました。

昔から何かと"ありがとう"と言われることに対して申し訳ないというか恥ずかしいというか、むず痒い気持ちになってしまい、相手は素直に感謝を伝えてくれているのだろうにその返事をきちんとできていない自分に嫌気が差します。
何て言えばいいのかわからないのですが"ありがとう"と言われたくてやっているわけじゃないのもありますし、自分なんかにお礼なんてって思っているのもあります。

しかし今の会社の人たちは大好きですし、仕事も楽しいです。
仕事だけでなく、他の状況でももしかしたら"ありがとう"と言われるときがあるかもしれません。
今までは「いえいえ」や「そんなことないです」とか答えてしまっていたので、感謝を伝えられたときに、こう返事していますっていうのがありましたらよろしくお願い致します。


すみません、文章力がない上によく分からない質問をしていますのでわからないところがあればお答えします。