コロナ　有休扱いは正当？

1000人弱規模の会社で、大阪の支店で働いています。
コロナウィルスの影響で、在宅勤務や出社人数を減らすよう言われているなか、うちの会社では在宅勤務できる設備が整っておらず、女性社員は1日おきに交代で出社し、人数を減らすよう、支店長から言われました。
しかし、ここで休んだ分は有休消化になるとのこと。

私は中途入社のため、有休日数は10日ほどしかありません。（中途入社社員は多いのでかなりの人が当てはまります）
5/6まで交代出社すると、ここで全ての有休を使うことになります。

支店長からの指示で休むのに、有休扱いは妥当なのでしょうか？この先どうなるか分からないし、それならば通常通り出勤すると言っている社員もいます。

また、東京本社では交代勤務をしていても有休扱いにしていない部署もあるようで、支店ごとに対応は違います。