有給休暇について教えて下さい。

某金融機関の支店のような所でパートで働いています。
コンプライアンスには厳しい会社です。
入社した際に有給休暇については半年経ったら付与されるという事位しか説明受けてないですがキチンと付与されて取得しています。
が、この度、先月の30日に体調を崩し当日電話して休みました。
シフトの都合で体調回復した3日に出勤しその際に有給休暇届を出しました。
次に出勤したら有休の届の締切が2日なので締めた後だから認められない。欠勤扱いになると言われました。
電話で休む時に有休にして下さいと言えば良かった。と言われましたが有休の申請の締めがあるのも知らなかったし
また原則有休の申請は事前にするものだから後からは認められない。
と言われました。
そうすると締め直前に休んだ場合は欠勤扱いになる人が必ず居るんですね？
と聞いたら「そうです。」と言われました。
この会社は有休は月末締めと15日締めで17日までに出さないとやはり欠勤だそうです。
会社によって規定が違うかと思いますがそういう会社が普通なのですか？
ちなみに社員はWLBとかで交代で１週間連休とかはよくあります。
何だか腑に落ちないのですが…。