転職するか迷ってます

お世話になります
長文失礼いたします

転職して3ヶ月
現在の職場は入社前から微妙なズレを感じていました
採用をいただいてから人事担当の対応が突然ザツになり、入社手続きは不備だらけ、配属される店舗のことは何も答えられない(毎回店舗によるという返答)状態でした
他の採用先は全て蹴ってしまったので、この微妙なズレも見て見ぬふり自身の中で曖昧にしてきました
入社初日、時間通りに出社したら担当者の出勤時間とズレがあり1時間近く待たされました
そして面接で聞いていた退勤時間より実際の退勤時間が長いことを初日仕事中に聞きました
これは店舗担当者もわたしがその時間で聞いていたことは知らなかったので店舗側に責任はなく完全に人事担当のミスです
正直その時点で採用辞退して帰っても良かったのですが、店舗スタッフの皆様はとても親切だし、しばらく様子を見ようと思いました

3ヶ月働いてみて、相変わらずスタッフの皆様はいい方なのですが最近店長に当たる人(男性)の対応がザツになってきたこと、まだ知識が足らず物の置き場所が管理されているPCを使いたくてもその店長が占領していて仕事が進まないストレス、
聞いていなかった締め作業があり退勤時間が聞いていたより1時間長いこと、
主人の出社時間が早いため夜の1時間がだいぶ負担だと感じたこと…
驚いたのは春から、散々な目に遭わされた人事担当が社長になること…

これは転職かなと悩んでいます
やはり店舗スタッフがいい人たちだということがわたしを一番悩ませます
スキルだけ得て転職しちゃおうと入社当時は思っていたのですが、現在同業界でも店舗によって変わってくる業務をメインで任されていて、この業界のスキルを得るよりこの店舗で勤務していくスキルを得ている状態で無意味さも感じてしまっています

ここまできたら転職か、それとも人間関係を優先すべきか、皆様ならどう思われますか？