傷病手当金の申請について

精神的な病気で年内に退職します。すでに有給は無く、8月中旬から10/30まで休職していました。引継等の関係で10/31より復職し12月末付で退職します。私の会社は、諸規則として欠勤後も３ヶ月間はその月に１日でも出勤すれば給料が全額支給されるとのことで、求職中も給料を頂きました。（ただ、これは全社員が対象になるわけではないのかもしれません。総務の人からは傷病手当の申請をしてくれと言われましたし）その３か月めがこの１２月になります。退職前にその要件を満たしていたとしても、休んだ期間の給料が支払われれば受給対象にはならないのでしょうか？会社にはその要件を満たしたいので、欠勤扱いにしてもらうよう依頼するつもりですが、先日上司との話の中で、復帰してくれると思ったから、会社としてできるだけの対応はしてきたけれど、辞めていく人にそこまで対応できるか分からないと言われてしまいました。慎重に総務担当者と話をした方がいいとアドバイスをいただいたのですが、会社から拒否されるようなことって考えられるのでしょうか？アドバイスをお願いします。