肩がポキポキなるのは何の音？

空気の音ですよ。 骨が鳴っているわけではありません（骨は音を出しません） 動くときの空気によって音がします。 なので、音の理由は空気です。 指が太くなるというのはさして根拠はないようです（2年前の文献では。漏れあったらすみません） ただ、太くなると思い込んでいると太くなることはあるようです（こちらは文献で確認済み） 全くの蛇足ですが、あの音が嫌いな方もいるようなので人前では首や指を鳴らさない方が良いかと思います。

関節には動きをスムーズにするための潤滑油みたいな液体があるそうです。 その液体の中の気泡がつぶれている音だ、と聞いたことがありますよ。 その音を鳴らしていても特に影響はない、と言っていた医者が居ましたが、よくぽきぽき鳴らしていた知人の指はたしかに少し変形してたような気も・・・。 専門家ではないので、確かなことはいえません。 みもふたもないですが、お医者さんで聞くか、専門のサイトで調べたほうが確かかもしれません。

軟骨の間の気泡がはじける音とか聞いたことがあります。 「ゴッドハンド輝」っていうお医者さんの漫画に 載ってました。あまり良くないようなので出来たらやめた ほうがいいですよ。

早速のレスありがとうございます。 気泡？なんてあるんですね。 骨がこすれる音にしては痛みがないし 何の音なんだろうって思ってました。