トイレのフローリングにでてきた黒染み

初めまして。 質問させて頂きます。 入居当初新築のアパートに４年間住んでいました。 もうすぐ退去しなくてはならないので掃除をしていたのですが、 トイレの床のフローリングに黒い染みができているのを発見しました。 床にマットをひいていたため発見が遅れてしまいました。 便器を中心に木目に沿って黒染みが拡がっている様子です。 表面を拭いてみましたが汚れはは落ちませんでした。 もしかしたらトイレの配水管から水漏れがしていて その湿気で床がカビてきてしまっているのかなと思いました。 そう考えると怖くてなかなか大家さんや業者さんに相談できません。 （きっとそうするのが一番なのでしょうが） この黒染みの原因が分る方、黒染みの落とし方をご存知の方、 どうかお知恵を貸して下さい。 また別件ですが、シンク下の用具入れの天板も湿気でやられてしまい一部（１センチ弱ほど）剥がれてしまっています。 敷金礼金（１５万程払っています）で収まるかかなり不安です。 引越しの経験がある方、よろしくお願いします。