投稿論文への回答は匿名？

こんにちは。私は、３０代前半、民間の研究機関で事務職をしている、rabbitです。 私は、仕事は事務系ですが、外国で修士号を取得しており、その分野においての学術的知識はある程度有しています。 先般、一念発起して、某公的研究機関に対して、投稿論文を送りました。 しばらくして返事が来て、掲載は見送りという回答でした。 それはまあ仕方がないと思うのですが、付けられたコメントの内容に問題がありました。 というのは、持論を展開する前提として、すでに一般的に広く認知されている学説を最初に説明したのですが、この学説が「間違っている」とコメントしてきたのです。 そして、その間違った前提を基にした議論には意味がない、というような、かなり粗いコメントでした。そして回答者の名前・肩書はありませんでした。 もちろん、その理論は「誰々の有名な理論」と明確に記して説明しています。 そこで、おそらく担当者の方が何か勘違いをしたのだろうと思い、編集責任の方にメールで丁寧に「その方のコメントには誤解があると思います」と返しました。 すると、しばらくして来た回答が、 「なかなか深い専門知識をお持ちの方と思います。他方、アカデミックの世界では、自由な議論を投稿批判から守るために、無記名で回答するのが当然の慣行になっています」という趣旨で、肝心の疑問部分には何にも言及がありませんでした。 しかし、性格は少々異なりますが、私の勤めている研究所では、回答者がその内容に責任を持つ観点から、必ず記名でコメントするのがルールになっています。 私が修士を取得した外国の大学でも同様でした。 そこで質問なのですが、日本の研究機関において、投稿へのコメントは匿名で行うというは本当に一般的な慣行なのでしょうか？？ ご存知の方、いらっしゃいましたら、お願いします。