市役所から昨年の報酬に対しての封書が。経費の申告はできるの？

市役所から昨年分の報酬に対して封書が届きました。経費の申告についてご教示下さい。

昨年の1月～6月まではA社、転職し7月～12月はB社にて給与が払われました。

昨年末、B社にA社の源泉徴収票を提出して年末調整してもらったので申告についてはOKなのだと思っていました。

しかし先月、市役所より＜本年度の市・県民税について＞の封書が届き、内容は「所得（A社￥1,2000,000）が課税対象になると思われます。申告してください」とのことで、申告対象所得は報酬にチェックがついていました。
市役所に出向いたところ、このA社￥1,2000,000というのは給与で支給されたものではなくそれ以外の所得、外交員手当のことでした。
通帳記入の際には基本給＋外交員手当の合計が給与振込として振り込まれていたので、また別に申告が必要とは知らず・・・
市役所の方にも税金かなり上がってしまいますが！と言われ、どのくらい払わなきゃいけないのだろう・・・
どうしようとハラハラしています。

今年はB社でのみ収入がありましたが申告は必要ないと言われました。

業種は同じ、支給されるのはA社と同じく基本給プラス外交員手当です。
ちなみにA社は基本給が低く、外交員手当を含めて生活できる感じでした。

とりあえずこの￥1,2000,000で申告しますが、経費があればその分引けますので来週中に領収書を持ってきてくださいと言われ・・・
営業なので、取引先との交際費に出張費（公共交通機関の交通費やガソリン）、お客様に差し上げる商品券やパソコンその他機器類を自費で購入していたので（出費は月8万ほど）金額を添えたメモ書きもありません。

経費を差し引いての申告はもう無理ですか？