京都おすすめコース教えて下さい

京都へ旅行に行きたいと考えています。

以前、夫とは何度か旅行したことがあるのですが、今年は3歳の息子との家族旅行なので、
水族館や動物園など子供が喜びそうな場所も入れての一泊二日にしたいです。

鉄道が家族揃って好きなので鉄道博物館には行ったことがあります。が、また行ってもいいなと考えています。

一泊二日なのであまり沢山は見てまわれないと思います。
おすすめコース、おすすめスポットがありましたら是非教えて下さい。

水族館や動物園に行かれたことのある方、どうでしたか？行ってみた感想なども教えていただけたら助かります。