有休取得によるボーナス減額

ある法人で管理職をやってます。 先日、部下の一人からボーナスが少ないとの指摘があり調べたところ、もともと求人広告などには夏冬合わせて3.0ヶ月(前年度実績)と謳っており、業績により変動ありとなっていました。 計算上、その部下は1.8ヶ月分しか支給されておらず、その時のボーナスは、他の人は2.0ヶ月分支給されているようでした。(私は管理職のため年棒制でボーナスなしです。) 人事考課制度などはないため、個人間で差があるのはおかしいと思い、代表理事に確認したところ、有給取得した分だけ引いている。とのことでした。 有休取得により不利益を被ってはならないという法律があったと思い、そのように申し上げたところ、もともとボーナスは賞与であって給与ではない。従って出さなくても良いボーナスを、有休もとらずに頑張っている人に沢山出して有休をとった人に少ししか出さなくても問題はない。なんならみんな出さなくても良いのだから。というようなことを言われました。 なるほど。と思った反面、もともと賞与も含めて生活設計をしている人がほとんどだと思うので、なんとなく腑に落ちない感じもあり、実際はこれは法律的には問題ないのでしょうか。 調べてみましたがよく分からず、ここで質問させてもらいました。 法律に詳しい方、よろしくお願いします。