昇給した？けれど基本給が下がった…

以前にも何度もお世話になっており、皆様のご意見に背中を押していただき、
昨年転職したのですが、今度はお給料の件でご相談がありトピさせていただきました。アドバイスよろしくお願いします。

給料はこの業種ではかなり高水準のお給料をいただいております。
が、新しい事業をするにあたり、3万円の手当を支給するとの条件で引き受けたのですが、基本給を1万円引かれ、色々な手当がある中に分けて手当てを加算させてくれていたのですが、計算すると27000円でした。

ボーナスは基本給に関係なく支給していただいているのですが、退職金を考えると基本給を1万円下げられるのは痛手なのですが、確認した方がいいのでしょうか？

（1）基本給が1万円下がってる
(下がった1万円は他の手当で分散して加算されてある)
（2）3万円の手当ではなく、27000円になっている
(27000円を、3000円、15000円等、分散して加算してある)

すごく優遇して下さっているのはわかっているので、理事長に確認するかとても迷っています。

皆様のアドバイスお願いします。