残業代をボーナスで支給？

4月に新卒で中小企業に入社しました。

私はまだそこまでではないですが、週に何度か残業があります。
しかし、残業代は一切支払われません。
その代わりに、ボーナスに加味されるそうです。

ここで質問なのですが、残業代はボーナスで支給してもよいものなのでしょうか？
先輩から聞いた話によると、残業した分がきっちり払われるのではなく、
職務手当のような手当として出るそうです。

タイムカードも出勤簿もない会社なのに、
どうやって残業代を計算しているのか不明です。
こういう会社は多いのでしょうか？